靈芝盛名遠揚，從古到今，一直有著靈芝的很多“傳說”，有的部分文獻還提到了“六芝”的概念，也就是“紫、青、黃、白、赤、黑”六種顏色，說明古人比較習慣以顏色來區分靈芝。但是限于當時的條件，古人對靈芝的研究也是非常有限的，那靈芝到底是屬于哪一類植物呢？
經過現代科學技術不斷的發展，以及科學家對靈芝的研究，逐漸清晰明朗，提出了“靈芝屬”這個概念，加上后來世人不斷的修正還發現，是否屬于靈芝屬，必須要以“孢子的形態”作為判斷標準。
每種菇類的孢子都各有特色，這些菇類包括蘑菇，香菇等等，而靈芝的孢子在光學顯微鏡下的結構，應該是呈不對稱卵圓形，有兩層細胞壁，外面那層是薄而透明的，里面那層非常厚，呈咖啡色，由此可見，不管一朵菇的樣子長得多如意，只要它的孢子不符合標準，科學上是不能稱為靈芝的。
現代科學一般是以“屬名+種名”組成“拉丁學名”，作為各個生物在學術上的正式名稱。目前，經鑒定發表，有標本記錄可考的“靈芝”將近200種，聽起來很多，但真正被拿來使用的卻很少。除了靈芝之外，大概就是以松杉靈芝、紫芝、樹舌靈芝等較為常見。
以上幾種靈芝在生物分類上都是屬于不同的“種”（也就是物種，菌種，種類），它們無法交配生出下一代。所以即使外觀顏色相近，實際內涵相差很大，活性成分不同，保健效果完全不同。因此，在食用靈芝尤其野生靈芝時，不僅要確定它真的是“靈芝屬”，還要弄清楚它是“哪一種”靈芝。
在現代生物分類學家會把所有稱得上“芝”的菇類統括在“真菌界”，所以靈芝是真菌，和普通植物有區別，普通植物可以靠光合作用自行制造養分，只要有陽光，空氣和水就可以存活；而真菌無法進行光合作用，必須靠分解腐朽的植物才能茁壯成長。所以植物是“生產者”，真菌是“分解者”，正是因為如此特殊的生長過程，才讓靈芝區別于普通植物所沒有的活性成分，稱為大家推崇的養生保健佳品。