靈芝的培育基材非常重要，當下靈芝種植基地常見的就是段木培育基材和袋料培育基材，不懂靈芝種植的朋友可能看不出其中的區別，但是懂靈芝生長及培育原理的人都可以從靈芝的培育基材中看出其成本的不同。
其中段木的基材大多需要上好的闊葉林樹木，直徑至少在20厘米以上的，一般長得粗壯的樹木都是憑著大自然風雨、陽光給予的能量長大，其中不會受化肥、農藥等污染，因此用以培育靈芝不僅營養豐富而且無任何污染，是一種非常環保綠色的靈芝培育方式，也是有機靈芝的基礎。
而另外一種袋料靈芝則不同，袋料靈芝的培育基材主要有木屑、棉籽殼等農林秸稈加工磨碎后研制的袋料，這種袋料培育基相對段木來說投入的成本非常小，很多有品牌實力的靈芝孢子粉品牌都在自己的自屬基地上都不采用袋料培育基。因為袋料的組成材料會遺留污染殘留，導致靈芝在生長過程中也受污染，因此不僅因為營養供給不足影響靈芝孢子粉的質量也會影響靈芝孢子粉的產品，因此靈芝的培育基對靈芝孢子粉的質量和產品非常關鍵。