靈芝在《神農本草經》當中被列為上藥，“主養命以應天，無毒、多服、久服不傷人”。古今藥理與臨床研究均可證明，正規的靈芝孢子粉是沒有什么副作用的，芝素堂靈芝孢子粉是取得了國食健字號的產品，屬于合法銷售的產品。
根據研究單位對國內國外文獻的收集整理，從安全性文獻調研來看，以成人60 kg計算，每日使用量66g破壁靈芝孢子粉無致突變毒性，14.4g未見明顯長期毒性。現在的研究數據也表明：靈芝孢子粉可以長期吃，靈芝孢子粉屬于藥食兩用食品，長期食用安全無毒副作用。
有些人在服用靈芝孢子粉后出現口干、頭暈等現象，就以為是靈芝孢子粉產生的副作用，這種情況醫學上稱之為瞑眩反應，也被稱為好轉反應或者是反應，是身體由不好轉變為好的情況。隨著用藥的持續，反應會逐步降低，直至消失，不必擔心。